Mesoamérica posee cerca de 30 millones de hectáreas de bosques (alrededor del 35% de su extensión). En particular México y Costa Rica se encuentran entre los 10 países con más diversidad faunística y florística a nivel mundial (Megadiversos).
En la Región se encuentran por lo menos tres biomas, 20 zonas de vida y 33 ecorregiones. Los principales ecosistemas naturales incluyen: ecosistemas marinos - costeros, humedales, bosques lluviosos, bosques nublados, bosques secos y pinares.
Cuenta además con numerosos endemismos, muchos de los cuales están amenazados o en peligro de extinción, a causa de la deforestación, el cambio de uso de suelo, el cambio climático, la introducción de especies exóticas, la sobreexplotación, etc.

De las aproximadamente 24,000 especies de plantas vasculares 5,000 (21%) son endémicas; de los 521 mamíferos, 210 (40%) son endémicos. Mesoamérica también cuenta con 1,193 especies de aves, ya que en la región convergen 3 de las 4 rutas de aves migratorias del Hemisferio Occidental. La región es considerada como centro de origen de numerosas variedades de cultivos agrícolas como el frijol, maíz, ayote, chile, tomate, cacao, algodón, etc. Aunado a esto, posee una enorme riqueza étnica y cultural, con la presencia de más de 50 etnias indígenas, las cuales se ubican en la mayoría del bosque tropical de la región, siendo sus principales custodios.