La mayoría de los problemas asociados con el agua trascienden las fronteras nacionales aunque existen marcadas diferencias entre subregiones y países.

Los principales retos que deben enfrentar son: el incremento en la demanda hídrica debida al crecimiento demográfico; la implementación de modelos de gestión hídrica externos que no involucran el contexto regional tan básicos como las prácticas tradicionales y la consideración de los ecosistemas como usuarios de agua; la expansión urbana, la deforestación y el cambio climático; el deterioro de la calidad del agua por el uso excesivo de fertilizantes y plaguicidas, así como por la contaminación urbana e industrial, provocada particularmente por las industrias minera y energética; además de marcos institucionales y jurídicos desactualizados